Los biopesticidas son un componente clave en los programas de control integrado de plagas y están recibiendo mucha importancia como medio de reducir la cantidad de pesticidas sintéticos utilizados en el control de plagas y enfermedades en los cultivos. En la mayoría de los sistemas de producción no se contemplan como sustitutos totales de los pesticidas sintéticos sino como un complemento y una forma de poder rotar los productos utilizados de modo que retrase o elimine la aparición de resistencias a los insecticidas. En agricultura ecológica los biopesticidas pueden suponer una herramienta valiosa para suplementar la rica variedad de prácticas culturales que eviten los daños en las cosechas.
Un área importante para el uso de biopesticidas es en la desinfección de semillas y tratamientos del suelo. Los fungicidas y biofungicidas son usados en el tratamiento de semillas para controlar los hongos del suelo que causan la pudrición de las semillas y muerte de las plantas jóvenes.
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